Игрок принимает на себя роль shadowrunner'а, пережившего тяжелые времена после своего последнего shadowrun'а в 2050 году. Один из товарищей игрока по той миссии, Сэм Уоттс, отправляет игроку заранее записанное видеосообщение, в котором сообщает, что он, скорее всего, мертв, и что его последнее желание - чтобы игрок нашел того, кто его убил. Он также сообщает, что у него есть 100 000 нуйенов, которые будут заложены для игрока, если он привлечет к ответственности виновных в его смерти. Зная, что Сэм живет в Сиэтле, игрок отправляется в этот город, чтобы начать расследование. Прибыв в Сиэтл и посетив морг, где осматривают тело Сэма, игрок узнает, что Сэм - последняя жертва Потрошителя Изумрудного города, серийного убийцы, который хирургическим путем удаляет органы у своих жертв. Вскоре Бегун обращается за помощью к одному из друзей Сэма, чтобы тот помог найти убийцу: Джейку Армитиджу, вернувшемуся из игры Shadowrun на SNES. Джейк вскоре покидает партию, так как за ним охотятся многочислен...
развернуть