В то время как смертоносный союз Куан Чи и Шан Цунга одерживает победу над воинами Рэйдена, появляется новое зло - король драконов и бывший император Внешнего мира Онага, который ищет шесть артефактов (Камидогу), дающих ему верховную власть над всеми мирами. Главный герой - Сюдзинко, воин, обладающий способностью копировать способности других бойцов, который до начала основного сюжета был обманом перевоспитан Онагой. Чтобы выполнить эту задачу, Шуджинко преодолевает все царства - от родного Земного до адского Нетереальма, обучаясь у великих мастеров Mortal Kombat. Однако, выполнив задание, Шуджинко обнаруживает, что стал пешкой в заговоре по воскрешению из мертвых злобного короля драконов Онаги. Восстановив силы Онаги, чемпионы Mortal Kombat должны помешать ему изменить саму ткань бытия.