«Мертвые души» — это неканоническая побочная история, действие которой происходит в апреле 2011 года, через год после событий Yakuza 4. Внезапная вспышка зомби распространяется по всему Камурочо и постепенно помещается в карантин, поскольку для сдерживания инфекции вызываются Сухопутные силы самообороны Японии. . Вслед за вспышкой, четверо мужчин стремятся помочь жителям Камурочо и найти источник болезни: Сюн Акияма, ростовщик, пытающийся спасти свою секретаршу Хану; Горо Мадзима, внушающий страх якудза и строительный босс, пытающийся предотвратить собственную инфекцию; Рюдзи Года, который пережил раны в конце Yakuza 2 и работает поваром такояки; и Кадзума Кирю, смотритель приюта и бывший якудза, вынужденный вернуться в Камурочо после похищения его приемной дочери Харуки. Игра разделена на четыре части, каждая из которых посвящена определенному персонажу.