В Yakuza 6 Кадзума Кирю узнает, сколькими именно люди готовы пожертвовать ради семьи – будь то кровные или узы – когда он расследует серию темных событий, в которых участвуют те, кого он больше всего держит в сердце. Только что вышедший из трёхлетнего тюремного заключения, пожилой и закаленный Кирю узнает, что его суррогатная дочь Харука пропала из приюта, за которым он присматривает. След приводит его к его бывшим местам топота в Камурочо, где он обнаруживает, что ее сбила машина и теперь она лежит в коме. Усугублять проблему, Кирю узнает, что у Харуки теперь есть сын, о котором он должен заботиться. С ребенком на руках Кирю отправляется в приморский город Ономичи, Хиросима, чтобы разгадать правду о Харуке, ее сыне, и зловещую тайну, которую скрывают якудза Хиросимы.