Yakuza 4 продолжает историю Yakuza 3 спустя год и возвращает игрока в Токио. История начинается с того, что на территории, принадлежащей клану Тодзё, который фигурировал во всех играх серии до сих пор, застрелен человек. Небольшая банда, принадлежащая клану Тодзё, пытается выяснить, что произошло, и вскоре их главаря находят зарезанным. Эти события вызывают острую борьбу между четырьмя мужчинами за деньги, власть, статус и честь. Истина становится очевидной по мере раскрытия лжи, предательства и переплетения историй, и когда эти четыре непоколебимых человека собираются вместе, рождается новая легенда Камурочо.