Прошло двадцать лет с тех пор, как мировые лидеры предложили безоговорочную капитуляцию инопланетным силам, а XCOM, последняя линия обороны планеты, осталась разрушенной и рассеянной. Теперь инопланетяне правят Землей, строя сияющие города, обещающие блестящее будущее человечеству на поверхности, при этом скрывая внизу зловещие планы и устраняя всех, кто не согласен с их новым порядком. Только те, кто живет на окраинах мира, имеют запас свободы. Здесь снова собирается сила, чтобы встать на защиту человечества. Оставшиеся силы XCOM, всегда находящиеся в бегстве, должны найти способ восстать из пепла, разоблачите коварную правду об оккупации и устраните инопланетную угрозу раз и навсегда.