Первая война привела к падению Азерота, последовав за кампанией орков в Warcraft: Orcs & Humans. Оставшиеся в живых жители Азерота бежали по морю в королевство людей Лордерон, а орки решили завоевать Лордерон, начав так называемую Вторую войну. Обе стороны приобрели союзников и новые возможности, включая военно-морские и воздушные силы, а также более мощных заклинателей.
Во Второй войне орки поначалу добиваются успеха, но люди и их союзники перехватывают инициативу, в том числе благодаря восстанию орков, инициированному колдуном Гул'даном, который стремится поднять затопленную гробницу Саргераса. В конце концов силы Альянса оттесняют Орду к Шпилю Блэкрок, но командующий Альянсом Андуин Лотар погибает. В финальной битве у Темного портала в Азероте Альянс уничтожает один клан орков и берет в плен верховного главнокомандующего орков и остатки его войск. Надеясь избежать новых вторжений, Альянс уничтожает Темный портал.