Ученик инженера Линк готов отправиться в Замок Хайрул и получить лицензию инженера. Во время церемонии Зельда подсовывает Линку записку, предупреждающую его не доверять Канцлеру и помочь ей добраться до Башни Духов. Духовные тропы земли, мистические железнодорожные пути, покрывающие землю, исчезают, и она подозревает, что причиной является канцлер. Направляясь к Башне, Канцлер перехватывает их и подтверждает правильность подозрений Зельды: он накладывает на нее магическое заклинание, отделяя ее тело от души. Линк и Зельда должны работать вместе, чтобы вернуть Зельду в нормальное состояние и снова спасти Хайрула.