В 1958 году, через три года после событий первой игры, пожилой гангстер Хайман Рот созывает встречу с семьями Корлеоне, Гранадос, Мангано и Алмейда в Гаване, чтобы обсудить их будущие кубинские деловые перспективы под руководством кооперативного правительства Фульхенсио Батисты. Рот объявляет о своем намерении разделить свой бизнес между четырьмя семьями после выхода на пенсию. Однако гости оказываются вовлеченными в продолжающуюся кубинскую революцию, и во время хаоса погибает босс Корлеоне Альдо Трапани. Дон Майкл Корлеоне, его брат Фредо и заместитель Трапани Доминик, удается сбежать на борту частного самолета, и Майкл назначает Доминика своим новым боссом, поручая ему руководить семейным бизнесом в Нью-Йорке.