Спустя несколько часов после событий первой игры Гейбриел Логан и Лиан Синг - враги государства для Агентства после раскрытия его связи с Syphon Filter, а для широкой общественности - террористы. Оперативник Агентства Диллон Морган захватывает Лиан на складах PharCom, вынуждая Гейба и солдат CBDC встретиться с бывшим оперативником Агентства Терезой Липан в Аризоне. Одновременно Агентство поднимает эскадрилью F-22 Raptors, чтобы перехватить их транспорт над Скалистыми горами Колорадо, и Гейб с лейтенантом CBDC Джейсоном Ченсом отправляются в горы на поиски своего самолета и ящика с дисками PharCom. Оперативник Агентства Стивен Арчер пытается остановить их любой ценой.
Группа заговорщиков, включая Мару Арамову и директора Агентства Лайла Стивенса, договаривается о доставке вируса китайскому генералу-изгою по имени Ши-Хао. Тем временем Лиан приходит в себя на базе ВВС США, где Морган, Дерек Фалкан и Томас Холман вместе с доктором Эльзой Вайсингер из компании PharCom занимаю...
развернуть