Действие игры Skullgirls происходит в вымышленном Королевстве Канопи - стране, напоминающей послевоенную Америку 1940-х годов. В коррумпированном и разрушенном войной мире несколько человек и организаций стремятся заполучить артефакт, известный как Сердце Черепа. Раз в семь лет Сердце Черепа исполняет желание одной женщины. Однако если воспользоваться Сердцем попытается женщина с нечистой душой, ее желание будет испорчено, и она превратится в чудовище, известное как Девушка-Череп. Сотни людей искали Сердце Черепа, но ни одна из его обладательниц не была признана достойной и избавлена от проклятия.
Спустя семь лет после Великой войны, в которой участвовали три страны, появилась новая девушка-череп Мари и начала терроризировать Королевство Канопи. Игра следует за несколькими бойцами, которые отправляются в путь, чтобы противостоять Мари и завладеть Сердцем Черепа. У каждого персонажа есть свои мотивы для поиска Сердца - уничтожить артефакт или использовать его силу в своих...