С момента событий первой игры прошло 17 лет, и ребенок, которого Инкубатор передал Гарри Мейсону в конце первой игры, Хизер Мейсон, уже стала девочкой-подростком. Гарри взял Хизер под свою опеку, чтобы вырастить как собственную дочь. В один прекрасный день Хизер отправляется за покупками, но неожиданно попадает в странную альтернативную реальность, наполненную демоническими образами и извращенными монстрами. Она слышит шаги, отвратительные, жуткие монстры нападают на нее, и ей приходится защищаться. Хизер быстро приходит к выводу, что происходящие вокруг нее события как-то связаны с ее прошлым. Исследуя жуткий городок Сайлент Хилл, она должна найти способ спастись.