Действие Shin Megami Tensei происходит в Токио недалекого будущего - сначала в 199X году, а затем через 30 лет в постапокалиптической версии города. Открылся разлом в другой мир, и в Токио вторглись демоны; с помощью компьютерной программы люди могут общаться с демонами и вызывать их. На протяжении всего сюжета моральные ориентиры представлены по-разному: наряду со средним "нейтральным" путем, фракция "Закон" считает, что логический порядок должен быть установлен в ущерб чувствам и свободе, а фракция "Хаос" выступает за неограниченную свободу личности, отбрасывая слабых.