Действие Quake II происходит в футуристической научно-фантастической среде. В одиночной кампании вы играете в роли морского пехотинца по имени Биттерман, который принимает участие в операции «Инопланетный повелитель», пытаясь спасти Землю от вторжения строггов путем контратаки на их планету, Строггос. Во время первой атаки на Строггос Большая Пушка поражает большинство капсул морпехов мощным ЭМИ-взрывом. В результате большинство капсул терпят крушение (за много миль от целевых зон высадки). Большинство морпехов попадают в плен или погибают, но Биттерман - один из немногих счастливчиков, которому удалось выжить.