Populous: The Beginning происходит до событий первых двух игр серии. Игрок управляет племенем синих, которое противостоит трем вражеским племенам, контролирующим большую часть Солнечной системы. Судьба игрока как шамана - стать божеством; только победив всех врагов в системе, шаман игрока может стать всемогущим. Игрок начинает с самой удаленной от Солнца планеты и последовательно атакует каждую из них. По пути шаман может изучать новые навыки и магию, чтобы победить своих (обычно) гораздо более могущественных врагов. Для победы игроку необходимо либо уничтожить противника, либо, в некоторых случаях, выполнить специальные действия. Игрок проигрывает, если его шаман убит и у него не осталось последователей, если шаман убит и у него нет круга реинкарнации, или если у игрока закончилось время на таймерных уровнях.[16] Победив другие племена, шаман становится богом и в дальнейшем помогает своему народу победить Матака, Чумару и Дакини в последнем конфликте.