Действие Dual Destinies происходит примерно через год после событий Apollo Justice: Ace Attorney. Юридическая система вступила в мрачную эпоху, наполненную ложными обвинениями и сфабрикованными доказательствами. Агентство Wright Anything, возглавляемое Фениксом Райтом, который после предыдущей игры вновь сдает экзамен на адвоката, чтобы снова стать защитником, принимает в свои ряды новоиспеченного адвоката Афину Сайкс, специализирующуюся на аналитической психологии, и присоединяется к другому молодому адвокату - Аполло Джастису. Работая вместе, Аполло и Афина ведут дело об убийстве олдермена, сталкиваясь с Саймоном Блэквиллом, яростным прокурором, которому предписано выступить в суде, несмотря на то, что он отбывает наказание за убийство (во втором случае игры). Затем Афина защищает свою подругу детства Джунипер Вудс, обвиненную в убийстве своего преподавателя в юридической школе, получая помощь от прокурора Клавье Гэвина (третье дело).