Приключенческий режим игры охватывает 245-450 главы оригинальной манги. Глава 245 не только открывает новую сюжетную линию, но и является началом так называемой "второй части" мифа, адаптированной для телевидения под названием Naruto: Shippuden. Основная история, в центре которой находится Наруто Узумаки, состоит из 8 глав, включая пролог. Прохождение всех глав открывает дополнительный "фрагмент", в котором рассказывается о неудачной поимке Такой Пчелы-убийцы, основанный на нескольких непоследовательных главах манги с 404 по 417.