В сюжетной линии, напоминающей Thief из Looking Glass, убийцу/вора Lin Kuei отправляют похитить важный документ. Это задание оказывается испытанием от таинственного персонажа (им оказался Куан Чи из MK4), который поручает вам после получения этого предмета вернуть древний медальон, обладающий несметной силой. Однако после того, как вы достанете медальон, Куан Чи узнает, что на самом деле он вас обманул, а медальон - это ключ к пробуждению демонического Шиннока (да, того самого злодея из MK4). Теперь вам предстоит стать героем, который не хочет идти по следу Куан-Чи через сам ад, надеясь добраться до Шиннока раньше него.