Спустя два года после инцидента в Shadow Moses Солид Снейк и Отакон, работающие под именем Филантропа, получают информацию о том, что по реке Гудзон перевозится новый тип Metal Gear. Когда Снейк поднимается на борт танкера, его захватывает группа русских наемников под командованием Револьвера Оцелота, намеревающихся похитить новый Metal Gear. Перенесемся в 2009 год: игрок берет под свой контроль Рэйдена - новичка, действующего по приказу полковника, по всей видимости, члена реформированного подразделения "Фоксхаунд". Его первоначальное задание - проникнуть на морское предприятие Big Shell и спасти президента Соединенных Штатов Америки, похищенного членами террористической организации "Сыны Свободы". Однако дело осложняется тем, что практически всем, с кем общается Рейден, есть что скрывать, и трудно отличить друга от врага...