Это 20ХХ год. После последнего поражения доктора Вайли к Синему Бомбардировщику вернулся мир.
Как только люди забыли о докторе Вили, роботы по всему миру начали сходить с ума. Вскоре стало очевидно, что эти роботы были созданы доктором Лайтом. Когда в
лабораторию Лайта посыпались телефонные звонки, доктор Уайли прервал все телевизионные программы, чтобы объявить, что эти беспорядки роботов не его дело. Затем он продолжил показывать видеодоказательства, доказывающие причастность доктора Лайта к недавним вспышкам насилия. Усугублять проблему, Вайли дал номер своего личного банковского счета и объявил, что примет пожертвования на создание собственной армии роботов, чтобы противостоять армии Лайта. Мегамен быстро вызвался очистить имя Лайта, и его отправили исследовать источник проблемы.
Вскоре в Лайт Лабс пришла полиция, чтобы арестовать доброго доктора, но Лайт спокойно пошел дальше, чтобы доказать свою невиновность. Тем временем Мегамен преследовал мастеров...
развернуть