Отправленный на исследование исследовательской базы "Цербер", которая таинственным образом замолчала, Шепард обнаруживает, что базу захватили геты. Единственный оставшийся в живых главный ученый Арчер рисует страшную картину: в результате эксперимента по слиянию человека-добровольца с виртуальным интеллектом был создан опасный гибрид "VI-владыка". Разбушевавшийся ВИ уже атаковал три другие базы "Цербера", контролируя любую найденную технологию в попытке вырваться на свободу - и развязать гетов по всей планете. Если Шепард не сможет проникнуть в крепость ВИ и отключить его, этот убийственный интеллект телепортируется с планеты и посеет хаос в других системах. Действие игры разворачивается на пяти новых уровнях и включает два новых достижения.