Игроки продолжают путешествие Сэкбоя после того, как события первой игры и портативной версии подошли к концу. Межпространственный пылесос под названием Негативитрон появляется в небе LittleBigPlanet и начинает всасывать ее жителей, включая Сэкбоя. Ларри Да Винчи (Робби Стивенс), лидер полусекретной полу-организованная группа, известная как «Альянс», приходит на помощь Сэкбою, спасая его от Негативитрона (Джереми Мейн). Организация посвящена борьбе с Негативитроном и победе над ним, прежде чем он уничтожит Craftworld (альтернативное название игровой среды). После того, как Сэкбой проходит испытания в Убежище Ларри, он говорит ему, что они должны добраться до лаборатории Виктории фон Батисферы (Джуди Суини), поскольку она построила армию мешковоботов для Альянса.