Действие Legend of Mana происходит в вымышленном мире Фа'Диэль. За девять столетий до событий игры сгорело Древо Маны - источник маны и жизни для всего мира. Началась война между фейри, людьми и прочими существами, стремящимися заполучить оставшуюся скудную энергию маны. Когда война закончилась, истощенное Древо Маны уснуло, а многочисленные земли мира были сохранены в древних артефактах. Герою, управляемому игроком, предстоит самостоятельно восстановить мир и его ману в прежнем виде. Земли Фа'Диэля населены множеством различных существ: людьми, фейри, демонами, драгоценной расой Джуми, похожими на растения ростками и цветочками, медведями-шахтерами Дадберами и теневыми существами подземного мира, известными как Шадолы. На Фа'Диле обитает множество антропоморфных животных и предметов, а также монстры из других игр серии Mana - рабиты, чобинские капюшоны и гоблины.