В Front Mission 3 есть два сюжета, и оба они вращаются вокруг японских летчиков-испытателей Wanzer Казуки Такемуры и Риого Кусамы. В начале игры игрок может выбрать сценарий DHZ или сценарий USN. В сценарии DHZ японский ученый Алисиана "Алиса" Такемура, а в сценарии USN - ученый Эмир "Эмма" Кламски.
Несмотря на то, что оба сценария отличаются персонажами и сюжетными сценариями, они имеют ряд общих событий и мест в игре. Из-за особенностей сюжета неизвестно, какой из двух сценариев канонически связан с Front Mission 5: Scars of the War. 31 октября Казуки приступает к испытаниям нового прототипа wanzer на полигоне компании Kirishima Heavy Industries вблизи Окинавы. По окончании испытаний ему сообщают, что часть построенных ванзеров необходимо доставить на базу JDF в Йокосуке. Рёго спрашивает Казуки, не может ли он присоединиться к нему, чтобы доставить ванзеры. Если игрок решит пойти с ним, то они будут играть в сценарий USN. Если игрок не пойдет с ним, то они будут играть...
развернуть