Действие Front Mission 2089 происходит в 2089 году на острове Хаффман за год до 2-го конфликта. Серия стычек на острове в 2086 году вызывает хаос на острове. O.C.U. and U.S.N. отправить миротворческие силы на свои стороны острова, чтобы подавить насилие. Этот конфликт, известный как «кризис Хаффмана», усилил напряженность между двумя наднациональными союзами. К 2089 году обе сверхдержавы увеличивают свое военное присутствие на острове и начинают нанимать наемников со всего мира. Затем этих наемников отправили на шпионские и разведывательные операции в районе реки Мейл — границы, разделяющей O.C.U. and U.S.N. территории на острове Хаффман.