Действие игры происходит через девять месяцев после завершения F.E.A.R. 2: Проект «Происхождение», беременность Альмы Уэйд подходит к концу. Когда воскресший Пакстон Феттел спасает Пойнтмена из плена корпорации Armacham Technology Corporation в бразильской тюрьме, два недоверчивых брата возвращаются в Фэйрпорт. Пойнтмен планирует спасти все еще... скучаю по Джину Сон-Квону и не позволяю Альме родить. Однако у Феттела совершенно другой мотив. Тем временем возникает новая угроза, одной из которых напугана даже сама Альма.