Сразу после событий Doom игрок снова принимает на себя роль безымянного космического десантника. Победив вторжение демонов на лунные базы Марса и вернувшись из ада, Думгай обнаруживает, что Земля также подверглась вторжению демонов, которые убили миллиарды людей.
Люди, пережившие нападение, разработали план постройки огромных космических кораблей, которые доставят оставшихся в живых в космос. Как только корабли будут готовы, выжившие готовятся к эвакуации с Земли. К сожалению, единственный наземный космопорт Земли захвачен демонами, которые воздвигают над ним огненный барьер, не позволяющий кораблям покинуть его.