После последней битвы с Крэшем Бандикутом Кортекс сбрасывается на остров Крэша и попадает в пещеру, заполненную светящимися кристаллами. Убедившись, что они обладают огромной силой, он берет один из них и возвращается в свою лабораторию. Год спустя Кортекс и его новый помощник доктор Н. Гин восстанавливают в космосе модернизированный Кортекс-Вортекс, который превратит всех жителей Земли в своих бездумных рабов. Но для достижения максимальной мощности Вихря им нужно еще 25 кристаллов, а на Земле не осталось ни одного их оперативника. Кортекс придумывает план, как заставить Крэша достать эти кристаллы для него.