Сюжет игры разворачивается в 1797 году, через 5 лет после событий Rondo of Blood, и начинается с победы Рихтера Бельмонта над графом Дракулой, что повторяет концовку предыдущей игры. Однако, несмотря на победу над Дракулой, Рихтер бесследно исчезает. Спустя пять лет Castlevania возрождается, и хотя Бельмонты уже не штурмуют замок, Алукард, сын Дракулы, пробуждается от самовнушения и решает расследовать то, что происходило во время его сна.
Тем временем Мария Ренард, невестка Рихтера, сама попадает в Castlevania на поиски пропавшего Рихтера. Она неоднократно помогает Алукарду на протяжении всей игры.