Сюжет Black Mesa почти идентичен сюжетной линии Half-Life, в которую можно играть через главу «Лямбда-ядро». Как и в оригинальной игре, игрок управляет Гордоном Фрименом, учёным, работающим в исследовательском центре Чёрной Мезы. Ему поручено поместить образец странного материала в электромагнитный прибор, используя для безопасной работы костюм для опасной среды Mark IV. Однако образец материала вызывает «каскад резонанса», разрушая объект и создавая межпространственный разлом в инопланетное измерение под названием Зен, принося его инопланетные существа на Землю.
Фримен выживает, находит других выживших и пробирается на поверхность под защитой своего защитного костюма, чтобы получить помощь. Однако, достигнув поверхности, он обнаруживает, что объект очищается от любого живого существа - человека или инопланетян - вооруженными силами. По мнению других ученых, Фримен находит, что единственный способ остановить вторжение инопланетян - это перейти к Зену и уничтожить сущность, удерж...
развернуть