Исследуйте пещеры под замком Хайрула, чтобы выяснить происхождение тьмы, окутывавшее все королевство. Линк и Зельда не только находят старые археологические останки древней расы, которая, как говорят, спустилась с неба, но также и зловещую мумию, удерживаемую бестелесной рукой. Она внезапно оживает, побеждает Линка, ломает Меч и поднимает большие структуры, когда-то найденные под землей, в небеса над Хайрулом, а Зельда исчезает с искрой от странного амулета, найденного на земле.
Некоторое время спустя Линк просыпается в неизвестном месте на парящем небесном острове и встречает таинственного духа по имени Рауру, который пересадил свою руку (ту самую руку, которая держала мумию) Линку, поскольку его правую руку было уже невозможно спасти. Под руководством этого нового союзника Линк отправляется в приключение, чтобы защитить Хайрул, найти принцессу Зельду и раскрыть тайны Зонайи.